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생명과학실험1 SDS-PAGE & Coomassie blue Staining2025.01.131. SDS의 역할 및 원리 SDS(sodium dodecyl sulfate)는 계면활성제의 일종으로 단백질이나 핵산의 구조를 깨뜨려 선형으로 만들어주는 역할을 한다. 아미노산의 소수성 부분과 hydrophobic interaction을 하며 결합하는데, 아미노산 2개당 1개 정도 binding하여 단백질을 변성한다. 2. Gel에 들어가는 시료의 역할 ① Tris-HCl: Stacking gel과 Resolving gel의 pH를 다르게 하여 각 gel에서 Glycine의 charge 다르게 조정해준다. 또한 Cl-를 첨가해주어서...2025.01.13
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Western Blotting2025.01.211. Western Blotting Western blotting은 sample 내 특정 단백질의 존재 여부나 크기, 양 등을 확인하는 실험법으로, 해당 단백질과 결합하는 antibody를 이용하여 단백질을 찾아내는 방식을 이용한다. 이 실험을 통해 western blotting의 과정과 원리를 이해할 수 있다. 2. SDS-PAGE SDS-PAGE는 SDS(Sodium Dodecyl Sulfate)로 coating 된 단백질을 2PAGE(Polyacrylamide Gel Electrophoresis)를 통해 크기에 따라 분리하는 ...2025.01.21
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생화학실험 단백질의 정성분석2025.05.061. Western blot Western blot은 단백질을 폴리아크릴아마이드 겔에서 전기영동을 이용하여 분리하고, 니트로셀룰로오스 membrane에 옮긴 후 찾고자 하는 단백질의 항체(1차 항체)와 결합시킨 후 이 항체와 반응하는 2차 항체를 이용하여 밴드를 형상화하는 기술이다. 이 기술은 크기별 분리, 단백질을 고체 지지체로 이동, 1차 및 2차 항체를 사용하여 표적 단백질을 표시하여 시각화하는 3가지 요소를 사용한다. 2. SDS-PAGE SDS-PAGE는 질량에 의한 단백질 분리가 가능한 전기 영동법이다. 폴리아크릴아마이드...2025.05.06
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단백질의 분리2025.01.231. 단백질 분리 실험을 통해 원심분리를 이용하여 세포 내 단백질을 분리하는 방법을 익혔다. 단백질 분리를 위해 세포를 깨고 RIPA 버퍼에 녹인 후 원심분리하여 상층액을 얻었다. 이 상층액에는 세포에서 추출된 단백질이 포함되어 있다. 2. SDS-PAGE SDS-PAGE는 단백질의 크기에 따라 분리하는 기법으로, 단백질이 SDS에 의해 변성되어 전하/분자량 비율이 동일해지면 전기장 내에서 크기에 따라 이동속도가 달라져 분리된다. 이를 통해 단백질의 분자량을 확인할 수 있다. 3. 세포 용해 세포를 깨는 방법에는 homogeniza...2025.01.23
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생명과학실험1 Western Blot2025.01.171. Western Blot Western Blot은 gel 전기영동을 통해 단백질을 분리하고, 특정 단백질의 존재 여부를 확인하는 실험이다. 이 실험에서는 SDS-PAGE를 이용하여 단백질을 크기별로 분류하고, 분류된 단백질을 membrane으로 옮긴 후에 항원-항체 상보적 결합을 이용하여 단백질의 존재 여부를 시각화하여 결과를 확인한다. 2. SDS-PAGE SDS-PAGE는 SDS라는 detergent를 사용하여 단백질의 구조를 선형으로 만듦으로써 단백질의 전하 밀도를 일정하게 만들고, 결국 단백질들이 크기로만 분류될 수 있게...2025.01.17
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Protein Regulation2025.01.181. Auxin-induced degron system Auxin-induced degron system은 특정 target protein을 원하는 상황에서 제거하기 위해 사용되는 방식으로, AID가 결합된 protein과 OsTir1이 같이 존재할 경우에 IAA(auxin)가 존재하지 않을 경우에는 정상적으로 protein이 존재할 수 있지만, IAA가 존재할 경우 IAA가 AID와 OsTir1을 연결하는 bridge 역할을 하고 polyubiquitin 구조가 형성되며 이는 이후 proteosome에 의해 빠르게 분해되어 pro...2025.01.18
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단백질 분석(SDS-PAGE & Fluorescence)2025.05.141. SDS-PAGE SDS-PAGE는 Sodium dodecyl sulfate - polyacrylamide gel eletrophoresis의 약자로, 5~250 kDa 사이의 단백질을 분리할 때 사용되는 방법입니다. SDS는 단백질에 결합하여 전하의 영향을 배제하고 크기에 의해 이동속도가 결정되도록 합니다. 또한 DTT와 같은 reducing agent는 단백질의 disulfide bond를 변성시켜 linear한 1차 구조로 만듭니다. SDS-PAGE 후 단백질을 확인하기 위해 Coomassie Briliant Blue, s...2025.05.14
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[일반생물학실험] 전기 영동2025.01.021. 전기 영동 전기 영동은 단백질, 아미노산, 뉴클레오티드 등의 하전된 물질을 분리하거나 분석하는 데 효과적인 방법입니다. 단백질 분자는 표면에 양전하 또는 음전하를 띠고 있어, 전극을 설치하고 전압을 가하면 양극 또는 음극으로 이동하게 됩니다. 이동 속도는 입자의 전하량, 크기, 모양, 용액의 pH와 점성도, 다른 전해질의 농도 등 여러 요인에 따라 달라집니다. 전기영동법에는 이동계면 전기영동법, 띠 전기영동법, 불연속 gel 전기영동법, SDS-PAGE, agarose gel 전기영동법 등이 있습니다. 2. DNA 전기영동 D...2025.01.02
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SDS-PAGE를 이용한 AP 단백질 분석 및 Coomassie Blue Staining2025.01.171. SDS-PAGE를 이용한 단백질 분석 SDS-PAGE 실험을 통해 AP 단백질의 크기와 순도를 확인할 수 있었습니다. SDS-PAGE 과정에서 단백질의 3차 구조를 제거하고 크기에 따라 분리되도록 하여, 목표 단백질인 AP 단백질을 선별적으로 확인할 수 있었습니다. 또한 Coomassie Blue 염색을 통해 단백질 밴드를 시각화하여 분석할 수 있었습니다. 2. 단백질 정제 과정 단백질 정제 과정에서 target 단백질 이외의 비특이적으로 결합한 단백질들이 씻겨나가면서 target 단백질의 순도가 높아지는 것을 확인할 수 있었...2025.01.17
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SDS-PAGE를 이용한 단백질의 분석2025.01.231. SDS-PAGE SDS-PAGE는 SDS가 단백질에 일정 간격으로 결합하여 charge density를 일정하게 하고, 단백질을 변형시켜 모든 단백질이 일정 모양(선형)을 갖게 함으로써 단백질이 전기장에서 크기(분자량)에만 의존적으로 분리되게 한다. Stacking gel과 Resolving gel의 pH 차이로 인해 단백질이 크기별로 분리된다. Coomassie blue 염색을 통해 단백질 band를 확인할 수 있다. 2. 단백질 정제 실험 결과, sample2에서 Naa30 protein의 사이즈에 해당하는 protein ...2025.01.23
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