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생명과학실험1 SDS-PAGE & Coomassie blue Staining2025.01.131. SDS의 역할 및 원리 SDS(sodium dodecyl sulfate)는 계면활성제의 일종으로 단백질이나 핵산의 구조를 깨뜨려 선형으로 만들어주는 역할을 한다. 아미노산의 소수성 부분과 hydrophobic interaction을 하며 결합하는데, 아미노산 2개당 1개 정도 binding하여 단백질을 변성한다. 2. Gel에 들어가는 시료의 역할 ① Tris-HCl: Stacking gel과 Resolving gel의 pH를 다르게 하여 각 gel에서 Glycine의 charge 다르게 조정해준다. 또한 Cl-를 첨가해주어서...2025.01.13
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SDS-PAGE2025.01.121. SDS-PAGE SDS-PAGE는 단백질을 분리하는 기술로, 전기영동 이동성을 이용한다. 단백질은 SDS 처리를 통해 균일하게 음전하를 띠게 되어 분자량에 따라 분리될 수 있다. 이 실험에서는 단백질 발현에 IPTG의 영향을 확인하고자 하였으나 이전 실험 결과의 불확실성으로 인해 IPTG의 영향을 명확히 알기 어려웠다. 단백질 염색 결과를 통해 약 45 kDa 크기의 단백질이 분리된 것을 확인할 수 있었다. 2. Discontinuous Buffer System Discontinuous buffer system은 stackin...2025.01.12
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생명과학실험1 단백질 정제 및 기능 분석을 위한 DEAE sepharose anion exchange chromatography2025.01.171. 단백질 정제 이 실험에서는 E.coli에서 추출한 alkaline phosphatase(AP) 단백질을 DEAE sepharose anion exchange chromatography를 이용하여 정제하는 과정을 다루고 있습니다. AP는 E.coli의 outer membrane과 inner membrane 사이에 존재하는 periplasmic space에 위치하며, osmotic shock을 통해 추출할 수 있습니다. 추출된 AP 단백질 혼합물은 열처리, 투석, ion exchange chromatography 등의 과정을 거쳐...2025.01.17
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SDS-PAGE를 이용한 AP 단백질 분석 및 Coomassie Blue Staining2025.01.171. SDS-PAGE를 이용한 단백질 분석 SDS-PAGE 실험을 통해 AP 단백질의 크기와 순도를 확인할 수 있었습니다. SDS-PAGE 과정에서 단백질의 3차 구조를 제거하고 크기에 따라 분리되도록 하여, 목표 단백질인 AP 단백질을 선별적으로 확인할 수 있었습니다. 또한 Coomassie Blue 염색을 통해 단백질 밴드를 시각화하여 분석할 수 있었습니다. 2. 단백질 정제 과정 단백질 정제 과정에서 target 단백질 이외의 비특이적으로 결합한 단백질들이 씻겨나가면서 target 단백질의 순도가 높아지는 것을 확인할 수 있었...2025.01.17
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A+ 생화학실험 <14주차. 단백질 분석 (SDS-PAGE)> 레포트2025.01.201. SDS-PAGE SDS-PAGE는 Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)를 이용해 단백질에 음전하를 부여함으로써 Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)를 수행하여 단백질을 크기에 따라 분리하는 전기영동 방법입니다. SDS-PAGE는 일반적으로 5~250 kDa 범위의 단백질을 분리하는 데 사용되며, 이 방법을 통해 단백질의 구조와 전하가 이동 속도에 미치는 영향을 제거할 수 있습니다. SDS에 의해 음전하를 띤 선형화 된 단백질은 전기장을 가했을 때 양극(+)을 향해 이동하며, ...2025.01.20
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A+ 생화학실험 <13주차. His6-tagged Protein Purification> 레포트2025.01.201. 단백질 정제 단백질 정제(Protein Purification)는 생물학적 연구 및 산업적 응용을 위하여 단백질을 혼합물로부터 분리하고 정제하는 과정이다. 이 과정은 일반적으로 여러 단계를 거치며, 각 단계에서는 단백질의 용해도, 크기, 전하, 결합 친화도 등의 단백질 간 서로 다른 특성을 활용하여 단백질을 분리한다. 첫 번째 단계는 세포 용해(Cell Lysis)로, 세포벽을 파괴하여 세포 내의 단백질을 방출하는 것이다. 다음 단계는 affinity chromatography이다. 이 방법은 특정 단백질에 결합하는 리간드를 ...2025.01.20
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Protein electro-transfer and Western blot 실험보고서2025.01.161. Western blot Western blot은 찾고자 하는 protein의 antigen epitope와 반응하는 antibody를 이용하여 단백질 혼합물 중에서 원하는 단백질(antigen)을 찾아내는 방법이다. 전기 영동을 이용하여 단백질을 gel 상에서 크기에 따라 분리한 후, membrane에 transfer한다. Membrane에 발광하는 probe가 붙어 있는 antibody를 붙여주는 항원-항체 반응을 이용하여 찾고자 하는 특정 단백질을 검출한다. 2. Nitrocellulose membrane Nitrocell...2025.01.16
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LDH assay2025.01.231. 단백질 정제 실험 주제에서 다루고 있는 LDH assay는 단백질 정제 과정에 대한 내용을 포함하고 있습니다. 단백질 정제는 다양한 종류의 단백질이 섞여 있는 샘플에서 원하는 단백질을 분리하는 작업입니다. 크로마토그래피, SDS-PAGE, Western blot 등의 방법을 통해 단백질의 순도를 점차 높여나가는 과정이 설명되어 있습니다. 2. 효소 활성 측정 이 실험에서는 LDH(Lactate Dehydrogenase)라는 효소의 활성을 측정하는 방법에 대해 설명하고 있습니다. 효소 활성은 반응 속도, 특정 활성, 수율 등으로...2025.01.23
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단백질 정제2025.01.231. 재조합 단백질 발현 재조합 단백질 기법은 정제하려고 하는 단백질의 유전자를 플라스미드 벡터에 삽입한 후, 이 플라스미드 벡터를 다시 세포에 도입하면 그 세포가 도입된 외부 유전자를 마치 원래 자기가 가지고 있던 유전자인 것처럼 발현을 하는 방법이다. 이번 단백질 정제실험에서 사용하는 플라스미드인 pET28a Vector는 kanamycin이라는 항생제에 대한 저항성을 부여하는 유전자인 KanR을 갖고 있어, 배양액에 kanamycin 항생제를 넣어놓고 그곳에 대장균을 넣으면 KanR을 갖고 있는 플라스미드인 pET28a Vec...2025.01.23
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SDS-PAGE를 이용한 단백질의 분석2025.01.231. SDS-PAGE SDS-PAGE는 SDS가 단백질에 일정 간격으로 결합하여 charge density를 일정하게 하고, 단백질을 변형시켜 모든 단백질이 일정 모양(선형)을 갖게 함으로써 단백질이 전기장에서 크기(분자량)에만 의존적으로 분리되게 한다. Stacking gel과 Resolving gel의 pH 차이로 인해 단백질이 크기별로 분리된다. Coomassie blue 염색을 통해 단백질 band를 확인할 수 있다. 2. 단백질 정제 실험 결과, sample2에서 Naa30 protein의 사이즈에 해당하는 protein ...2025.01.23
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