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BLAST2024.12.041. 미생물 동정 실험 - sequencing & BLAST 1.1. 실험 목적 이번 실험의 목적은 5개의 DNA 및 단백질 서열을 BLAST를 이용해 동정하여 어떤 코로나 바이러스인지 파악하고, BLOSUM 분석을 활용하여 5개의 바이러스 중 Human-SARS-CoV-2와 가장 유사한 아미노산 서열을 가진 바이러스가 무엇인지 관찰하는 것이다. 1.2. 실험 재료 실험 재료는 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool), 동정하려는 균의 염기 서열이다. BLAST는 뉴클레오타이드 데이터베이스(nu...2024.12.04
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생물학실험12025.03.111. 생물학실험1 1.1. BLAST BLAST는 생물정보학에서 사용되는 프로그램이다. BLAST는 2개 이상의 핵산 서열이나 아미노산 서열이 서로 얼마나 비슷한지 비교하는데 사용된다. 또한 뉴클레오타이드 서열이나 아미노산 서열이 서열 데이터베이스에 저장된 서열과 일치하는지 비교하고 통계적 유의성을 계산하는 용도로도 사용된다. 특히 유전체학의 발달로 인해 서열 데이터베이스에 축적된 유전체의 수와 정보의 양이 폭발적으로 증가하고 있기 때문에 BLAST의 유용성은 날로 높아지고 있다. BLAST에는 megablast, disconti...2025.03.11
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염기서열 경우의 수2024.11.161. 생물정보학 개론 1.1. 생물정보학의 정의 생물정보학이란 컴퓨터를 이용하여 생물학을 연구하는 모든 분야를 포함하는 학문이다. 즉, 생물학적 정보를 저장, 검색, 구성, 분석하는데 정보기술을 활용하는 학문이라 할 수 있다. 생물정보학은 유전체 서열에서 유전자를 찾아내고 데이터베이스 자료와 비교하여 유사성 정도를 확인하며 유전자 산물의 구조와 기능을 예측하고 진화적인 관계를 유추하는 등 다양한 생물학 연구에 사용된다. 생명과학 분야에 컴퓨터 기술이 접목되면서 생물정보학이 발전하게 되었으며, 현재 생물학, 의학, 농업 등 다양한 ...2024.11.16
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생명과학에서의 행렬의 이용2025.03.181. 서론 1.1. 생명과학에서의 행렬 활용 개요 생명과학 분야에서 행렬은 다양한 방식으로 널리 활용되고 있다. 행렬은 생명체의 개체군 동태 모델링, 생물정보학, 유전체 분석, 단백질 구조 예측 등 광범위한 연구 영역에서 중요한 역할을 담당한다. 행렬은 생명체의 성장, 변화, 상호작용 등을 수학적으로 표현하고 분석하는 데 매우 유용한 수학적 도구이기 때문이다. 개체군 동태 모델링에서는 지수 성장 모델, 로지스틱 성장 모델, 연령 구조 모델 등 다양한 행렬 기반 모델이 활용된다. 이를 통해 개체군의 성장 과정과 변화를 예측하고 ...2025.03.18
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생물학 실험2024.09.251. 일반 관찰 1.1. 광학현미경을 이용한 세포 관찰 1.1.1. 구강 상피 세포와 양파 표피 세포 관찰 광학현미경을 이용하여 구강 상피 세포와 양파 표피 세포를 관찰한 결과, 두 세포 간 구조적 차이를 확인할 수 있었다. 구강 상피 세포를 메틸렌 블루 용액으로 염색한 결과, 구강 상피 세포의 핵과 세포질이 모두 염색되어 관찰되었다. 세포질에 비해 세포의 핵이 더 진하게 염색되어 세포핵을 뚜렷하게 관찰할 수 있었다. 반면 양파 표피 세포를 아세트올세인 용액으로 염색한 결과, 양파 표피 세포의 핵만 진하게 염색되어 관찰되...2024.09.25
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신약개발 수학보고서2024.09.141. 주사약의 농도 변화 파악을 위한 도함수 활용 1.1. 주사약의 농도 변화와 중요성 주사약의 농도 변화와 중요성은 의료 분야에서 매우 중요한 주제이다. 주사액이 혈액으로 들어갈 때 혈액에 주사액의 농도 변화가 발생하는데, 이 농도 변화를 정확히 파악하지 못하면 오히려 우리 몸에 독이 될 수 있기 때문이다. 주사액의 농도를 정확히 파악하는 것이 중요한 이유는 다음과 같다. 첫째, 주사약의 농도 범위에는 약물의 효과가 나타나는 범위, 효과가 나타나지 않는 범위, 그리고 부작용이 나타나는 위험한 범위가 있다. 약물의 농도가 유효혈...2024.09.14
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임상미생물 S.aureus, S.epidermidis, M. luteus2024.09.231. 미생물 분리 및 동정 1.1. 실험 목적 이 실험의 목적은 균을 장기간 보관할 수 있는 stock solution와 균을 배양학 위한 LB agar 배지를 직접 제작해보고, 이 과정에서 마이크로피펫을 포함한 다양한 실험 기구들의 사용방법을 익히는 것이다. 또한 PCR과 겔 전기영동의 원리를 이해하고 이를 활용해 배양한 균의 염기서열을 직접 산출해낸다. 산출된 염기서열을 sequencing과정을 통해 미생물의 종을 확인해보며 Hydrolysis test, 그람염색법 그리고 Oxidase, catalase test을 이용해 실험...2024.09.23
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행렬과 생명과학2025.06.021. 서론 1.1. 행렬과 생명과학의 만남 생명과학에서 개체군의 성장과 변화는 매우 중요한 연구 대상이다. 이러한 개체군의 성장과 변화를 모델링하기 위해 다양한 수학적 방법이 활용되고 있다. 특히 행렬을 이용한 레슬리 행렬 모델은 개체군의 나이 구조와 출산율, 생존율 등을 고려하여 개체군의 성장을 추정할 수 있어 주목받고 있다. 또한 최근 생물정보학의 발전과 함께 유전자 및 단백질 서열 분석, 계통수 작성 등 다양한 생물 데이터 분석에 행렬 기반의 기법들이 활용되고 있다. 생물정보학 전담 기관인 NCBI와 EMBL의 EBI에서...2025.06.02
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생명과학에서의 행렬의 이용2025.06.111. 서론 1.1. 생명과학에서의 행렬의 이용 생명과학에서의 행렬의 이용은 다양한 영역에서 중요한 역할을 수행한다. 이는 개체군 성장 모델의 이해와 직접적으로 연관되어 있으며, 생태학과 컴퓨터 과학의 융합을 통해 발전해왔다. 개체군 성장 모델에는 크게 지수 성장곡선, 로지스틱 성장곡선, 레슬리 행렬 모델이 있다. 지수 성장곡선은 특정 개체군이 성장하기에 알맞은 환경이 제한되지 않은 경우, 개체수가 기하급수적으로 증가하는 것을 설명한다. 이때 개체군의 증가율은 개체수의 변화량을 개체수로 나눈 값과 같다. 한편 로지스틱 성장곡선...2025.06.11
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생명과학에서의 행렬의 이용2025.03.181. 서론 1.1. 생명과학에서의 행렬 활용 행렬은 생명과학 분야에서 다양한 방식으로 활용되고 있다. 특히 개체군 성장 모델링에서 행렬 이론이 중요한 역할을 하고 있다. 개체군의 성장과 변화를 예측하기 위해서는 수학적 모델링이 필요하며, 이 과정에서 행렬 연산이 핵심적으로 사용된다. 개체군 성장 모델에는 지수 성장곡선, 로지스틱 성장곡선, 레슬리 행렬 모델 등이 있다. 지수 성장곡선은 개체수가 기하급수적으로 증가하는 모델이며, 로지스틱 성장곡선은 환경수용력을 고려하여 개체수 증가율이 감소하는 모델이다. 레슬리 행렬 모델은 개...2025.03.18
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